Tổ chức được thành lập vào ngày 8 tháng 12 năm 1991 bởi các quốc gia Belarus, Nga, và Ukraina, khi các nhà lãnh đạo của ba quốc gia này họp tại Khu dự trữ tự nhiên Belovezhskaya Pushcha, cách khoảng 50 km (31 dặm) về phía bắc của Brest thuộc Belarus và ký kết "Hiệp định thành lập Cộng đồng các Quốc gia độc lập", được gọi là Hiệp định Sáng lập (tiếng Nga: Соглашение, Soglasheniye), vào lúc giải thể Liên Xô và lập SNG làm một thực thể để kế thừa.[5] Đồng thời, họ tuyên bố rằng liên minh mới sẽ mở cửa với toàn bộ các nước cộng hòa thuộc Liên Xô cũ, và cho các quốc gia khác có cùng các mục tiêu tương tự. Hiến chương SNG tuyên bố rằng toàn bộ thành viên là các quốc gia có chủ quyền và độc lập và do đó thủ tiêu Liên Xô trên thực tế.

Ngày 21 tháng 12 năm 1991, các nhà lãnh đạo của tám cựu cộng hòa Xô viết khác là Armenia, Azerbaijan, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Moldova, Turkmenistan, Tajikistan, và Uzbekistan – ký kết Nghị định thư Alma-Ata để mở rộng SNG bao gồm các quốc gia này, số quốc gia tham dự tổ chức do vậy tăng lên thành 11.[6] Gruzia và Ukraina gia nhập hai năm sau đó, trong tháng 12 năm 1993.[7] Đến lúc này, có 12 cựu cộng hòa Xô viết tham dự SNG, ba quốc gia Baltic không tham dự và gia nhập Liên minh châu Âu vào năm 2004.

Từ năm 2003 đến năm 2005, ba quốc gia thành viên SNG trải qua thay đổi chính phủ trong một loạt cách mạng sắc màu: Eduard Shevardnadze bị lật đổ tại Gruzia; Viktor Yushchenko đắc cử tại Ukraina; và Askar Akayev bị lật đổ tại Kyrgyzstan. Trong tháng 2 năm 2006, Gruzia rút khỏi Hội đồng Bộ trưởng Quốc phòng, với tuyên bố rằng "Gruzia đi theo hướng gia nhập NATO và không thể đồng thời là bộ phận của hai cấu trúc quân sự",[8][9] song quốc gia này duy trì là một thành viên đầy đủ của SNG cho đến tháng 8 năm 2009, tức một năm sau khi chính thức rút ra ngay sau Chiến tranh Nga-Gruzia. Đến tháng 3 năm 2007, Tổng thư ký Hội đồng An ninh Nga Igor Ivanov bày tỏ nghi ngờ của mình về tính hữu ích của SNG, nhấn mạnh rằng Cộng đồng Kinh tế Á Âu đang trở thành một tổ chức có khả năng hơn nhằm thống nhất các quốc gia lớn nhất trong SNG.[10] Sau khi Gruzia rút ra, các tổng thống của Uzbekistan, Tajikistan, và Turkmenistan bỏ hội nghị tháng 10 năm 2009 của SNG, đều vì các vấn đề nội bộ và bất đồng với Liên bang Nga.[11]

Tháng 5 năm 2009, Armenia, Azerbaijan, Belarus, Gruzia, Moldova, và Ukraina gia nhập Quan hệ Đối tác Phương Đông, một kế hoạch do Liên minh châu Âu đề xướng.